感染症発生動向調査からは、全国レベルでの定点当たり報告数は21.9と2週連続して減少した。都道府県別では愛知県（45.3）、長野県（37.0）、石川県（36.5）、富山県（36.4）、埼玉県（33.1）、福井県（31.1）が多い。
注意報レベルのみを超えている保健所地域は165（39都道府県）と減少し、警報レベルを超えている保健所地域も296（ 山形県、山梨県、岡山県を除く44都道府県）と減少がみられている。今シーズンの流行は、そのピークを過ぎ去りつつあるものと考えられる。
2005年第36週以降これまでに、インフルエンザウイルスの検出はAH1（Aソ連）型287件（15.4%）、AH3（A香港）型1561件（83.6%）、B型19件（1.0%）の計1867件報告されている。