萩山小学校は，昭和48年４月１日に原山小学校から分離して開校しました。その時の児童数は１４４名で，クラスは６クラスでした。その後，萩山台の住宅整備にともない，児童数が年々増加し，昭和58年には，児童数1140名27クラスのマンモス校になりました。この時期をピークに児童数は漸次減少して，現在（平成21年4月7日現在）は１９４名７クラスとなっています。（昭和60年から知的障害学級開設，平成16年度から通級指導教室開設，平成19年度から日本語教室開設）

※２０１０年（平成22年)４月開校をめざし，現在の萩山小学校校舎１階部分に肢体不自由児対象の瀬戸市立瀬戸養護学校が建設され，萩山小学校は現在の校舎の２・３階部分に移動する大規模改造工事が昨年度から始まっています。養護学校併設の利用形態は県内初，国内でも４例目で，小学部から高等部までの児童生徒を受け入れる予定でいます。